第一章：余波未平
自上次机密文件失窃事件后，日军在华中地区的作战计划严重受挫，颜面尽失。日军高层恼羞成怒，责令山本一郎务必加强防范，绝不能再发生类似事件。山本一郎因此变得愈发谨慎多疑，对南京城的管控更加严苛，到处增设岗哨，盘查过往行人。
然而，时隔半年，一份更为重要的机密文件又在日军驻上海的情报总部不翼而飞。这份文件涉及日军即将在华东地区展开的大规模军事行动，代号“破晓计划”，包括详细的作战时间表、进攻路线以及秘密联络方式等关键信息。消息传来，日军内部一片哗然，山本一郎再次被推到风口浪尖，他发誓要不惜一切代价找回文件，严惩窃取者。
第二章：调查受阻
负责此次调查的是日军少佐渡边健，他是个心思缜密、手段狠辣的特务头子。渡边健带领手下迅速赶到情报总部，现场却几乎没有留下任何有价值的线索。唯一的发现是，档案室的门锁被一种极为精巧的工具撬开，手法娴熟，显然是经验丰富的高手所为。
渡边健沿着有限的线索展开调查，走访了总部周边的居民和商家，却一无所获。民众因惧怕日军，大多三缄其口，即便知晓一些情况也不敢透露。渡边健试图从情报总部内部人员入手，怀疑有内鬼协助盗窃，但经过一番严刑逼供和细致排查，并未发现可疑人员。调查陷入僵局，渡边健心急如焚，却又无计可施。
第三章：神秘组织浮现
就在渡边健焦头烂额之际，一个神秘组织的身影开始浮出水面。有情报显示，近期在上海活跃着一个名为“暗影联盟”的抗日秘密组织，他们擅长各种隐秘行动，多次破坏日军的物资运输和通讯线路。渡边健推测，此次机密文件失窃极有可能是“暗影联盟”所为。
为了摸清“暗影联盟”的底细，渡边健派出大量特务，在上海城的各个角落布下眼线，密切监视可疑人员的动向。经过一段时间的跟踪和调查，他们终于发现了“暗影联盟”的一个秘密联络点——一家看似普通的书店。渡边健决定按兵不动，等待时机，一举捣毁这个组织，夺回机密文件。
第四章：联盟困境
另一边，“暗影联盟”成功窃取文件后，内部也面临着严峻的考验。文件被锁在一个特制的保险箱内，需要特定的密码才能打开。然而，负责获取密码的成员在撤离过程中不幸被捕，密码因此未能及时传递回来。
“暗影联盟”的领导者陈风深知，时间紧迫，日军必定在全力追查。他们一方面要设法营救被捕成员，获取密码；另一方面要躲避日军的搜捕，确保文件的安全。组织成员们分散在上海城的各个角落，小心翼翼地行动着，每一步都充满了危险。陈风明白，一旦密码泄露，不仅文件会失去价值，整个组织也将面临灭顶之灾。
第五章：生死较量
渡边健终于等到了机会，他得知“暗影联盟”的部分成员将在书店进行一次重要的碰头会议。深夜，渡边健带领大批特务将书店团团包围，然后发起突袭。“暗影联盟”成员奋起反抗，但由于日军人数众多，火力凶猛，他们渐渐处于下风。
在激烈的交火中，陈风带领几名核心成员拼死突围，成功逃出包围圈。然而，组织遭受重创，多名成员牺牲或被捕。渡边健虽然没有夺回文件，但他从一名受伤的联盟成员口中得知，文件被藏在一个秘密地点，且需要密码才能打开。渡边健加大了对被捕成员的审讯力度，试图尽快获取密码和文件的下落。
第六章：逆转乾坤
陈风深知局势危急，必须尽快采取行动。他一方面组织剩余成员全力营救被捕的密码携带者；另一方面，通过各种渠道联系上了潜伏在日军内部的我方卧底。在卧底的帮助下，陈风得知了渡边健审讯的进展以及日军的下一步行动计划。
在一个雨夜，陈风带领“暗影联盟”与地下党密切配合，展开了一场惊心动魄的营救行动。他们成功救出密码携带者，获取了打开保险箱的密码。与此同时，他们利用日军的部署漏洞，巧妙地将机密文件送出上海，交到了抗日军队手中。
抗日军队根据文件中的情报，提前做好准备，成功挫败了日军的“破晓计划”，给予日军沉重打击。