联邦舰队的猛烈攻击让暗影教团的秘密基地防御出现了破绽。林恩抓住机会，带领一队精锐士兵乘坐登陆艇冲向基地。
在登陆过程中，他们遭到了暗影教团的顽强抵抗。基地周围的能量护盾虽然被削弱，但仍在不断释放出强大的能量波，试图击退联邦士兵。
“开启登陆艇的能量干扰器，强行突破！”林恩大喊。登陆艇上的能量干扰器启动，发出一道强烈的干扰波，暂时压制住了基地的护盾能量。登陆艇成功降落在基地外。
林恩带领士兵们迅速冲进基地。基地内部弥漫着一股阴森的气息，通道错综复杂，到处都是闪烁的暗红色灯光。
他们在基地中遭遇了一群身着黑色长袍的暗影教团成员。这些成员手持能量武器，向联邦士兵发动攻击。林恩和士兵们毫不畏惧，凭借着精湛的战斗技巧和先进的武器装备，与暗影教团成员展开了激烈的近身战斗。
在战斗中，林恩发现这些暗影教团成员似乎受到某种精神力量的控制，他们的动作僵硬，但攻击却异常凶猛。“小心，他们可能被精神控制了！”林恩提醒队员们。
经过一番苦战，联邦士兵终于突破重重防线，来到了基地的核心区域。在核心区域的大厅里，林恩见到了暗影教团的首领——暗主。
暗主站在巨大的黑色王座前，眼神中透露出疯狂和不屑：“你们这些自不量力的家伙，竟然敢闯入我的基地！”
林恩毫不畏惧地直视暗主：“你的阴谋已经被我们识破，今天就是你的末日！是你故意破坏了伽马星的科研实验，企图破坏我们的联盟。”
暗主发出一阵疯狂的笑声：“没错，就是我干的。你们这些文明太愚蠢了，居然想通过合作来主宰宇宙。只有我，才是宇宙真正的主宰！”
就在暗主说话间，林恩的队员们发现了控制那些被精神控制成员的装置，并迅速将其破坏。失去精神控制的成员们纷纷清醒过来，露出惊恐和迷茫的表情。
此时，暗影教团的其他成员见势不妙，纷纷放下武器投降。暗主见大势已去，试图启动基地的自毁装置。林恩眼疾手快，冲上前去与暗主展开搏斗，最终成功制服了暗主，阻止了自毁装置的启动。
林恩通过通讯设备向安塔瑞斯文明以及其他联盟文明通报了真相。安塔瑞斯文明的领袖得知真相后，深感愧疚，立刻恢复了与联邦的合作关系，并对联邦表示诚挚的感谢。
随着暗影教团的阴谋被揭露，宇宙间的联盟关系变得更加紧密。各个文明共同庆祝这场胜利，同时也更加警惕来自宇宙暗处的威胁，共同守护宇宙的和平与繁荣......