尼奥等人拖着疲惫的身躯，继续在混乱的矩阵中寻找归途。此时，矩阵重启的光芒如涟漪般扩散，所到之处，数据流逐渐稳定，像是在重塑一个全新的世界。
突然，前方出现了一道散发着柔和白光的传送门，门上闪烁着与先知所给线索相似的符文。“这也许就是回去的路。”崔妮蒂说道，眼中燃起一丝希望。
但他们刚靠近传送门，周围的空间再次扭曲，机器城市的主机投影竟再次出现，只不过这次显得有些虚幻和不稳定。“你们以为改写矩阵就能改变一切？就算你们回到锡安，我也会让机器大军将它彻底摧毁。”主机的声音带着不甘与愤怒。
尼奥直视着主机投影，坚定地说：“你错了，矩阵的改变会让机器和人类看到和平共处的可能。无休止的战争对双方都没有好处。”
主机冷笑：“人类的贪婪与暴力，注定我们无法共存。”
墨菲斯上前一步，说道：“那是过去，矩阵的新规则将打破偏见。你我都清楚，这场战争已让双方付出惨痛代价。”
主机沉默片刻，似乎在权衡。就在这时，传送门的光芒开始闪烁，预示着开启的时间不多了。
尼奥趁热打铁：“给彼此一个机会，让我们回去，向锡安的人们传达和平的意愿，也给机器城市一个新的开始。”
主机投影微微颤抖，最终消散，仿佛做出了抉择。
众人不再迟疑，踏入传送门。一阵光芒闪过，他们回到了锡安的飞船停靠点。
锡安的人们看到他们归来，欢呼声响彻云霄。尼奥站在众人面前，举起手中闪烁微光的密钥，大声说道：“我们改写了矩阵，虽然未来仍有挑战，但我们迎来了和平的曙光！”
随后的日子里，尼奥等人作为使者，与机器城市进行了艰难的谈判。凭借着改写后的矩阵规则作为依据，以及双方对和平的渴望，终于达成了停战协议。
机器拆除了部分奴役人类的设施，人类也同意与机器分享部分资源与技术，开启相互学习与合作的新篇章。矩阵不再是人类的牢笼，而是成为双方沟通与交流的桥梁。
在这个全新的时代里，尼奥、崔妮蒂、墨菲斯和塞拉夫成为了传奇，他们的故事在人类与机器的世界里代代相传，激励着每一个人为了自由、平等与和平而奋斗。锡安的孩子们在阳光下欢笑玩耍，机器城市的运作也不再只为战争服务，整个世界都在这场变革中，迎来了充满希望的新生。