尼奥深知，要想彻底扭转战局，不能仅仅在锡安战场上与机器生物硬拼，必须从根源上找到对抗“建筑师”的办法。而这一切的关键，或许就隐藏在矩阵的深处。
他将自己的想法告诉了墨菲斯和锡安的其他领袖。众人虽深知深入矩阵危险重重，但这是目前唯一的希望，于是决定全力支持尼奥。
尼奥在锡安的技术专家帮助下，准备了一套特制的接入设备，以便更稳定、深入地连接矩阵。在进入矩阵前，尼奥与队友们一一拥抱，“等我回来，我们一定能赢。”他的声音充满了决心。
随着意识再度沉入矩阵，尼奥发现自己置身于一片奇异的数字荒原。这里没有熟悉的城市景象，只有无尽的绿色数据流如河流般奔腾。尼奥知道，自己已深入到矩阵鲜有人至的底层区域。
沿着数据流的方向前行，尼奥看到了一些闪烁着微光的代码片段，它们仿佛是被遗落的记忆碎片。尼奥伸手触碰其中一片，瞬间，一段影像在他脑海中浮现：那是“建筑师”在一个巨大的实验室中，与几个神秘人物商讨着什么，周围摆放着各种复杂的仪器和奇异的能量装置。虽然听不清他们在说什么，但尼奥敏锐地捕捉到，这些人似乎在谋划着一个关乎矩阵和人类命运的巨大阴谋。
继续探索，尼奥又发现了一串特殊的代码序列，这串代码指向一个隐藏的服务器节点。当他接近这个节点时，周围突然出现了一群由代码构成的守卫者。这些守卫者身形庞大，散发着冰冷的气息，它们挥舞着能量武器，向尼奥发起攻击。
尼奥迅速抽出能量剑，与守卫者展开激战。他在战斗中不断观察守卫者的代码结构，试图找到它们的弱点。经过一番激烈交锋，尼奥发现守卫者之间的代码连接存在一个短暂的间隙。每当它们发动联合攻击时，这个间隙就会出现。
尼奥看准时机，在守卫者们再次准备发动攻击的瞬间，猛地冲向间隙。他以极快的速度穿过守卫者的防线，成功抵达了服务器节点。
在节点内部，尼奥发现了一份加密文件。当他尝试破解文件时，矩阵突然剧烈震荡，仿佛在抗拒他的行为。尼奥意识到，自己的行动已经惊动了“建筑师”。时间紧迫，尼奥加快破解速度，终于在矩阵的反击加剧之前，成功打开了文件。
文件中记载着“建筑师”的部分核心计划，以及一个神秘的地点——矩阵的“源代码生成室”。据说，那里是矩阵力量的根源，也是改写矩阵规则的关键所在。尼奥知道，自己必须前往这个地方，才能找到对抗“建筑师”的最终武器，拯救锡安和全人类……