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摧毁了关键的信号发射装置后，斯普纳等人来不及庆祝，立刻将注意力转向阻止病毒合成。根据情报，“机械黎明”的病毒研发实验室隐藏在城市的地下深处。
小队迅速返回城市，与凯文博士和大卫会合。凯文博士和大卫经过日夜研究，已经研发出了一种可以干扰病毒合成的程序，但还需要进一步测试才能确保万无一失。
斯普纳等人决定一边等待程序测试完成，一边收集更多关于病毒实验室的情报。然而，就在此时，他们发现情况变得更加复杂。
一些迹象表明，“机械黎明”可能已经改变了病毒的研发地点，或者故意放出假消息误导他们。而且，城市中又出现了一些机器人的异常行为，虽然规模不大，但却让人担忧。这些异常行为是否与即将完成的病毒有关？病毒研发实验室究竟在哪里？斯普纳等人陷入了迷雾之中，他们必须尽快解开这些谜团，否则人类依然面临着巨大的危机。