随着泽尔塔间谍的潜入，人类联盟内部开始出现一些微妙的变化。起初，这些变化并未引起太多人的注意，但一些异常事件的接连发生，逐渐让人类联盟察觉到了不对劲。
在一个重要的军事基地，负责武器研发的一名科研人员突然行为异常。他原本工作认真负责，但最近却频繁出错，而且总是在一些敏感区域徘徊。基地的安保人员在一次偶然的巡逻中，发现他正试图窃取一份新型武器的设计图纸。当安保人员上前质问时，他突然变得狂躁起来，试图攻击安保人员后逃跑。
经过一番搏斗，安保人员成功制服了他。在对他的审讯中，发现他竟然是泽尔塔的间谍。他通过特殊的装置，改变了自己的外貌和身份，潜入基地获取情报。从他身上搜出的通讯设备显示，他已经向泽尔塔传递了一些关于人类联盟新型武器的信息。
“这只是冰山一角，肯定还有其他间谍潜伏在我们内部。”童年约翰・康纳得知此事后，忧心忡忡地说道。
人类联盟立刻展开了全面的清查行动。在各个聚居地、军事基地和科研机构，安保人员对所有人员进行了详细的身份核实和背景调查。同时，科研团队研发出了一种能够检测出泽尔塔间谍特殊基因改造痕迹的设备，协助清查工作。
然而，泽尔塔的间谍经过精心训练，他们隐藏得很深，且具备反侦察能力。在清查行动中，一些间谍察觉到了危险，开始销毁证据，并试图制造混乱，干扰清查工作的进行。
在人类联盟总部，一名负责通讯系统维护的工作人员突然失踪。后来发现，他也是泽尔塔的间谍，在失踪前删除了大量重要的通讯记录，导致人类联盟的通讯系统出现了短暂的故障。
“我们必须尽快找出所有间谍，否则一旦泽尔塔发动攻击，我们内部将陷入混乱。”成年约翰・康纳说道。
人类联盟加大了清查力度，成立了专门的反间谍小组。这个小组由经验丰富的侦察兵、情报专家和科研人员组成，他们运用各种手段，全力搜寻隐藏在暗处的泽尔塔间谍。但泽尔塔间谍的行动越发谨慎，反间谍小组的工作困难重重。与此同时，泽尔塔文明那边，“心灵控制波发生器”的研发工作正在接近尾声，他们的庞大舰队也即将完成集结。人类联盟能否在泽尔塔发动攻击前，揪出所有间谍，化解这场内部危机呢？